1、组织管理水平材料混乱，未针对评价标准逐项提供。
2、证明材料单一，多数为制度或文件，无执行情况。如研发奖励仅有制度，无落实情况。
1、财务会计报告不完整，仅提供正文和会计报表，无附注。
2、会计报表中各年度数据不一致，且无差异情况说明。如2015年报表中上年数据与2014年报表中期末数据不一致。
3、会计报表附注披露的管理费科目明细中无研发费用数据，或披露的研发费用数据与专项审计报告中研发费用数据不一致，差异较大。
4、含子公司的企业会计报表为公司合并报表，含子公司数据。
1、专项审计报告不完整，无编制说明。
2、专项审计报告所附表格不规范，未按规定的样式列示。如未分年度、分项目列示、所附表格单位为元，按要求应为万元，保留两位小数。
3、专项审计报告中计算研发费占比，高新技术产品收入占比时，销售收入、总收入口径错误，销售收入应为主营业务收入和其他业务收入之和，总收入是收入总额减去不征税收入。
4、专项审计报告中研发项目支出与申报材料中所附研发费辅助明细账不一致。
5、财务报表数据、税务系统中报税数据、专项审计报告数据，三者不一致，差异较大。
